Odmiana liczby kopii i wyniki fałszywie dodatnich prenatalnych badań anneuploidalnych

Badania nieinwazyjnego prenatalnego badania przesiewowego pod kątem aneuploidii w analizie krążącego DNA wolnego od komórek (cfDNA) wykazały wysoką czułość i swoistość w kohortach wysokiego ryzyka i niskiego ryzyka. Jednakże ogólna niska częstość występowania aneuploidii ogranicza dodatnią wartość predykcyjną tych testów. Obecnie przyczyny fałszywie pozytywnych wyników są słabo poznane. Zbadaliśmy cztery ciąże z dysharmonijnymi wynikami badań prenatalnych i odkryliśmy, że w dwóch przypadkach powodem powikłań jest matczyne powielanie chromosomu 18. Modelowanie oparte na zmianie liczby kopii numeru populacji potwierdza możliwość, że niektóre fałszywie dodatnie wyniki nieinwazyjnego badania prenatalnego mogą być związane z dużymi wariantami liczby kopii od matek. (Finansowane przez National Institutes of Health i inne.)
Wprowadzenie
Metody nieinwazyjnego badania prenatalnego1 szybko rozwinęły się w praktyce klinicznej, a aneuploidalne badania przesiewowe oparte na analizie krążącego cfDNA są obecnie rutynowo oferowane kobietom z ciążami wysokiego ryzyka. Ze względu na wysoką dokładność tych badań przesiewowych, 2,3 uwagi zostały przeniesione do kohort o niskim ryzyku, w których zmniejszona częstość występowania aneuploidii może ograniczyć dodatnią wartość predykcyjną nieinwazyjnego badania prenatalnego.4 Niedawna prospektywna analiza oparta na cfDNA nieinwazyjne badania prenatalne w 1914 r. ciążach niskiego ryzyka wykazały częstość fałszywie dodatnią 0,3%, 0,2% i 0,1% w przypadku trisomanii 21, 18 i 13, odpowiednio – częstości niższe niż obserwowane w przypadku standardowych badań przesiewowych.5 Jednakże dodatnia wartość predykcyjna wyniosła 45,5% dla trisomii 21 i 40,0% dla trisomii 18,5, co podkreśla potrzebę dalszych badań diagnostycznych. Norton et al.6 obecnie raportują w Journalu wyższe pozytywne wartości predykcyjne z nieinwazyjnym screeningiem prenatalnym opartym na cfDNA, które wykorzystuje inną metodę, aczkolwiek przy wyższej stawce bez połączenia ; Wyniki brak połączenia są niejednoznaczne i mogą maskować klinicznie ważne odkrycie.
Mechanizmy leżące u podstaw fałszywie dodatnich wyników nieinwazyjnego badania prenatalnego opartego na cfDNA pozostają niepełne wyjaśnione.7 Hipotezy wyjaśniające obejmują matczyny mozaikowatość, 8,9 niewykrytych nowotworów, 10 znikający syndrom bliźniaczy, 11 i zamknięty mozaikowy łożyskowy, 12,13, a także błędy techniczne . Chociaż opisy przypadków udokumentowały przykłady podstawowych przyczyn fałszywie dodatnich i innych nieprawidłowych wyników, tylko niewielka część została wyczerpująco wyjaśniona.8
Metody nieinwazyjnego przesiewania prenatalnego oparte na cfDNA obejmują test multipleksowej reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR), 14 sekwencjonowanie shotgunu, 15, 16 i ukierunkowane sekwencjonowanie.17 Testy Illumina Verifi i Sequenom MaterniT21 PLUS są oparte na zliczaniu statystyk, które naturalnie wynikają z: sekwencjonowanie shotgun całkowitego cfDNA w osoczu matki. Po wyizolowaniu, sekwencjonowaniu i wyrównaniu fragmentów cfDNA, których mniejszość pochodzi z płodu (średnia, 13%, ale z dużą zmiennością w czasie ciąży i między ciążami18), odczyty są sortowane do pojemników. Każdy pojemnik zawiera odczyty, które jednoznacznie pochodziły od określonego chromosomu, a rozkłady dla każdego chromosomu są konwertowane do standardowych normalnych rozkładów. Wartości binned dla nowo analizowanej próbki cfDNA są porównywane z rozkładami referencyjnymi, uzyskując wyniki per-chromosomów z, które szacują prawdopodobieństwo aneuploidii płodu. W diploidalnych ciążach może wystąpić fałszywie dodatnie wykrywanie trisomii z powodu błędów typu I – to jest rzadkiego i przypadkowego próbkowania wyników z powyżej 4,0. W ujęciu statystycznym prawdopodobieństwo, że zmienna losowa Z będzie miała wartość większą niż 4,0, jest wyrażone jako Pr (Z> 4,0), co stanowi około 3 na 100 000.
Rycina 1. Rola matczynych wariantów liczby kopii (CNV) w fałszywie dodatnich wynikach nieinwazyjnego screeningu prenatalnego opartego na DNA.Panel A jest schematycznym przedstawieniem analizy DNA bez komórek (cfDNA). CfDNA w osoczu matki zawiera głównie matczyne cfDNA i mniejszą część płodowego cfDNA. Próg wyzwalania pozytywnego testu cfDNA jest wskazywany przez pionową linię przerywaną. Połączenie diploidii płodowej z brakiem CNV u matki daje wynik testu prawdziwie negatywnego. Połączenie trisomii płodowej i braku CNV u matki daje prawdziwy pozytywny wynik testu. Połączenie diploidii płodowej z obecnością CNV matczynej, która duplikuje część odpowiedniego chromosomu, prowadzi do fałszywie dodatniego testu. Hipotetycznie, kombinacja trisomii płodowej na określonym chromosomie i obecność CNV u matki, która usuwa część tego samego chromosomu, może skutkować fałszywie ujemnym testem
[patrz też: niacynamid, RTG panoramiczne, asumin ]

Powiązane tematy z artykułem: asumin niacynamid RTG panoramiczne