Odmiana liczby kopii i wyniki fałszywie dodatnich prenatalnych badań anneuploidalnych AD 2

Panel B to schematyczne przedstawienie wpływu matczynego CNV na prawdopodobieństwo fałszywie dodatniego wyniku testu, wyrażonego jako Pr (Z> 4,0), który wynosi w przybliżeniu 3 na 100 000. Duplikacje matek przesuwają rozkład próbek z testu na prawo, a podstawowy rozkład referencyjny pozostaje niezmieniony. W panelu C profile liczby kopii oparte na znormalizowanej głębokości odczytu cfDNA są zgodne z duplikowanymi regionami na chromosomie 18 u dwóch z czterech pacjentów. Profile pacjentów 2 i 4 są zgodne z dwiema kopiami w całym regionie zainteresowania. Pacjenci i 3 mają zwiększoną liczbę kopii w sąsiadujących regionach, co sugeruje duplikacje. Takie podejście zakłada, że każda kobieta nosi taką samą ilość materiału genetycznego na danym chromosomie. W rzeczywistości chromosomy różnią się nieznacznie pod względem składu i wielkości od osoby do osoby ze względu na odziedziczone lub de novo warianty liczby kopii, w których region genomowy jest usuwany lub duplikowany. Na przykład, powielenie przez matkę skutecznie zwiększa długość chromosomu, na którym się znajduje, zwiększając tym samym proporcję cfDNA pochodzącego z tego chromosomu. W takiej osobie sekwencjonowanie cfDNA dałoby nadmierną reprezentację odczytów wyprowadzonych z chromosomu zawierającego wariant liczby kopii względem tego chromosomu u osób odniesienia, potencjalnie prowadząc do fałszywej interpretacji wyników jako wskazujących na trisomię płodu (Figura 1A).
Zdolność matczynego wariantu liczby kopii do zmiany interpretacji nieinwazyjnego prenatalnego badania przesiewowego jest wzmocniona przez fakt, że ogromna większość cfDNA pochodzi z matki. W diploidalnej ciąży, w której matka niesie duplikację, zwiększona liczba odczytów pochodzących z dodatkowej kopii zduplikowanego regionu przesuwa rozkład próbkowania dla tej ciąży na prawo w stosunku do leżącego u podstaw rozkładu odniesienia (Figura 1B). Prawdopodobieństwo fałszywie dodatniego testu statystycznego przekroczyłoby Pr (Z> 4,0), a zakres nadwyżki wynikałby przede wszystkim z wielkości duplikacji.
Staraliśmy się zbadać, czy matczyne warianty liczby kopii mogą dać fałszywie dodatnie wyniki nieinwazyjnego badania prenatalnego. Jako dowód na zasadę, zapisaliśmy cztery ciężarne kobiety, które miały niezgodne wyniki: pozytywne wyniki badań przesiewowych oparte na cfDNA z normalnymi wynikami klinicznymi. Następnie modelowaliśmy potencjalny wpływ na populację matczynych odmian liczby kopii na wyniki fałszywie dodatnie.
Metody
Pacjenci i przetwarzanie próbek
Uczestnicy zostali zidentyfikowani z populacji kolejnych pacjentów z fałszywie dodatnimi wynikami nieinwazyjnych badań prenatalnych, którzy zostali skierowani na okołoporodowe poradnictwo genetyczne na Uniwersytecie w Waszyngtonie. Po porodzie potwierdzono prawidłowe wyniki kliniczne; wszyscy uczestnicy mieli diploidię płodową na podstawie przedobjawowej amniopunkcji genetycznej, normalnych badań noworodków lub obu.
W przypadku każdej ciąży pobierano próbki krwi obwodowej matki w chwili rejestracji, a próbki krwi pępowinowej uzyskiwano przy porodzie. Osocze oczyszczono, a cfDNA wyizolowano, zsekwencjonowano i dopasowano do referencyjnego genomu za pomocą standardowych metod (patrz sekcja Metody w Dodatkowym dodatku, dostępna w pełnym tekście tego artykułu w). Macierzyńskie jednojądrzaste komórki krwi obwodowej (PBMC) otrzymano jednocześnie, a DNA wyizolowano z tych komórek w celu walidacji wariantów liczby kopii.
Identyfikacja wariantów liczby kopii
Czytania od matczynego cfDNA jednoznacznie wyprowadzonego z każdego chromosomu zostały zebrane i zbadane pod kątem nadreprezentacji fragmentów chromosomu 13, 18 lub 21. Kandydackie wersje liczb kopii o wielkości większej niż 250 kb zidentyfikowano poprzez wizualną inspekcję profili głębokości odczytu i potwierdzono przez sposoby oznaczania metodą PCR i sekwencjonowania Sangena DNA macierzyńskiego PBMC i DNA pępowinowego (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku).
Modelowanie
Dla różnych rozmiarów matczynych wariantów liczby kopii obliczono wzrost współczynnika prawdopodobieństwa fałszywie dodatniego testu statystycznego dla każdego chromosomu, na podstawie właściwości rozkładu Z leżącego u podstaw testu (zobacz sekcję Metody w Dodatek dodatkowy). Współczynniki per-chromosom zmienności zastosowano do oszacowania odchylenia standardowego liczby odczytów pochodzących z każdego chromosomu w przypuszczalnych diploidalnych kohortach referencyjnych (tabela S1 w dodatkowym dodatku). Średnią liczbę dodatkowych odczytów, które można uzyskać z powielonych regionów, przekształcono w jednostki odchylenia standardowego specyficzne dla chromosomu, które następnie wykorzystano do obliczenia skorygowanych prawdopodobieństw wyników fałszywie dodatnich.
[podobne: dinoprost, laserowe obkurczanie pochwy, niacynamid ]

Powiązane tematy z artykułem: dinoprost laserowe obkurczanie pochwy niacynamid