Hematopoeza klonalna związana z wiekiem AD 2

Analiza statystyczna
Wszystkie analizy statystyczne zostały wykonane przy użyciu pakietu statystycznego R (www.r-project.org). Pełne szczegóły analizy statystycznej znajdują się w sekcji Metody w dodatkowym dodatku.
Wyniki
Identyfikacja Mutacji Somatycznych Kandydata
Aby określić stopień klonalnej hematopoezy z mutacjami somatycznymi, przeanalizowaliśmy dane z sekwencjonowania całego egzema z DNA w komórkach krwi obwodowej 17 182 osób, które zostały wybrane bez względu na charakterystykę hematologiczną. Spośród nich 15 801 to pacjenci i kontrole ustalone na podstawie 22 kohort w badaniach stowarzyszenia cukrzycy typu 2, a pozostałych 1381 było wcześniej niesekwencjonowanymi uczestnikami badania Jackson Heart Study, populacyjnego badania kohortowego (Tabela S1 w dodatkowym dodatku). Mediana wieku osób objętych badaniem w momencie uzyskania DNA wyniosła 58 lat (zakres od 19 do 108); 8741 było kobietami, a 7860 chorowało na cukrzycę typu 2.
Identyfikacja somatycznych mutacji kierowcy w przypadku raka pochodzi w dużej mierze z badań, w których porównano różnice w sekwencji DNA między guzem a prawidłową tkanką uzyskaną od tej samej osoby. Po zidentyfikowaniu mutacji badacze mogą genotypować próbki dla tych wariantów somatycznych bez polegania na dopasowanej normalnej tkance. Ponieważ mieliśmy DNA tylko z jednego źródła (krwi), ograniczyliśmy nasze badania do wariantów, które zostały opisane wcześniej w literaturze w 160 zmutowanych mutacjach genów kandydujących w nowotworach mieloidalnych i limfoidalnych (Tabela Usunęliśmy potencjalne fałszywe pozytywne warianty, używając algorytmów wywoływania wariantów, które zawierały filtry znanych artefaktów, takich jak odchylenie i odczyt grupowy, a także wykonując dodatkowe filtrowanie rzadkich trybów błędów przy użyciu panelu normalnych (dane sekwencji z panel normalnych osób) .25 Dolna granica wykrywalności wariantów zależała od głębokości pokrycia. Mediana średniej głębokości sekwencjonowania dla eksonów z 160 genów wynosiła 84 odczyty (zakres od 13 do 144). Przy głębokości sekwencjonowania 84 odczytów granica wykrywalności dla SNV była przy wariancie frakcji alleli 0,035; granica wykrywania indeli wynosiła 0,070.
Przy takim podejściu zidentyfikowaliśmy łącznie 805 kandydatów na warianty somatyczne (zwane dalej mutacjami) w 73 genach z 746 osób (tabela S3 w dodatku uzupełniającym). Jako kontrola negatywna, szukaliśmy wcześniej opisanych, niehematologicznych wariantów związanych z nowotworem w 40 genach (Tabela S4 w Dodatku Uzupełniającym) 27 i znaleźliśmy tylko 10 takich wariantów w tych genach (Tabela S5 w Uzupełniającym dodatku), wskazując, że fałszywe odkrycie z powodu artefaktów technicznych było niskie. Sprawdziliśmy również podzbiór wariantów przy użyciu ukierunkowanego sekwencjonowania na bazie amplikonu; 18 z 18 wariantów zostało potwierdzonych, ze współczynnikiem korelacji 0,97 dla wariantowej frakcji alleli pomiędzy dwiema metodami (ryc. S1 w dodatku uzupełniającym).
Zwiększenie częstotliwości klonalnych somatycznych mutacji z wiekiem
Ryc. 1. Ryc. 1. Występowanie mutacji somatycznych według wieku. Kolorowe pasy, w coraz jaśniejszych odcieniach, przedstawiają 50., 75. i 95. percentyl.
Raki hematologiczne, a także inne nowotwory i stany przedmeczowe, zwiększają częstotliwość wraz z wiekiem. Mutacje były bardzo rzadkie w próbkach pobranych od pacjentów w wieku poniżej 40 lat, ale wzrastały z częstością w kolejnych dekadach życia (ryc. 1). Mutacje w genach związanych z nowotworami hematologicznymi stwierdzono w 5,6% (przedział ufności 95% [CI], 5,0 do 6,3) osób w wieku od 60 do 69 lat, 9,5% (95% CI, 8,4 do 10,8) osób w wieku od 70 do 79 lat wiek (219 z 2300 osób), 11,7% (95% CI, 8,6 do 15,7) osób w wieku od 80 do 89 lat (37 z 317) i 18,4% (95% CI, 12,1 do 27,0) osób 90 powyżej lat (19 z 103). Wskaźniki te znacznie przekraczają częstość występowania klinicznie zdiagnozowanego raka hematologicznego w populacji ogólnej
Rysunek 2. Rysunek 2. Charakterystyka kandydackich wariantów somatycznych. Panel A pokazuje 10 najczęściej zmutowanych genów związanych z nowotworami hematologicznymi. Panel B pokazuje liczbę osób z 1, 2, 3 lub 4 wariantami kandydackimi. Panel C pokazuje rozkład typów pojedynczych nukleotydowych zmian par zasad obserwowanych w wariantach kandydatów. Panel D pokazuje frakcje allelu (AF) kandydatów na warianty somatyczne. Frakcję allelu obliczono jako liczbę odczytów wariantowych podzieloną przez liczbę odczytów wariantu plus odniesienie
[przypisy: laserowe obkurczanie pochwy, RTG panoramiczne, dygestorium ]

Powiązane tematy z artykułem: dygestorium laserowe obkurczanie pochwy RTG panoramiczne