Ekspresja mikroRNA, przeżycie i odpowiedź na interferon w raku wątroby ad 5

Otwarty owal oznaczony jako 5-HT (5-hydroksytryptamina) reprezentuje węzeł chemiczny powiązany z sygnalizacją receptora serotoninowego, skategoryzowany za pomocą oprogramowania do analizy szlaku (Pomysłowość). Strzałki reprezentują pozytywną regulację ekspresji genów, ze stałymi strzałkami wskazującymi bezpośrednią regulację i złamanymi strzałkami pośredniej regulacji. Aby przetestować hipotezę, że guzy o niskiej ekspresji miR-26 mogą być biologicznie różne, przeanalizowaliśmy 224 dopasowanych pacjentów w kohorcie z dostępnymi danymi mikromacierzy mikroRNA i matrycowego RNA (mRNA). Dane z mikromacierzy mRNA oparto na ekspresji około 21 000 genów mRNA (numer dostępu do GEO, GSE5975) .23 Wielowymiarowa analiza skalowania na podstawie pierwszych trzech głównych składników wszystkich genów ujawniła, że większość pacjentów z niską ekspresją miR-26 skupione osobno od tych z wysoką ekspresją miR-26 (Figura 2A), zgodnie z dychotomicznym statusem ekspresji trzech genów miR-26 (Figura 2A w Dodatku Aneks). Analiza porównawcza klas wykazała, że ekspresja znacznej liczby genów różniła się pomiędzy nowotworami o niskiej ekspresji miR-26 i ekspresją o wysokiej ekspresji miR-26; dwie grupy nowotworów miały 915 istotnych genów wspólnych (rysunek 2B w dodatkowym dodatku). SLC2A6 i S100P wybrano spośród genów o różnej ekspresji do walidacji za pomocą qRT-PCR (Figura 3 w Dodatku Aneks). Ponadto analiza wieloczynnikowa wykazała, że sygnatury mRNA mogą znacząco przewidywać stratyfikację pacjentów zgodnie z ekspresją miR-26, z ogólną dokładnością 80,3%. Tak więc pacjenci, u których guzy miały niską ekspresję miR-26, wykazywali wzorce ekspresji genetycznej, które różniły się od schematów nowotworów u pacjentów z wysoką ekspresją miR-26.
Spośród zachodzących na siebie genów 915, 770 było poddanych nadmiernej ekspresji u pacjentów z niską ekspresją miR-26. Analiza sieci genowych za pomocą tych genów 770 ujawniła serię przypuszczalnych sieci nowotworzenia, które miały wysoki wynik (> 10) (szczegóły, patrz Tabela 4 w Dodatku Uzupełniającym). Badanie wzbogaconych genów w różnych kategoriach ujawniło kilka ważnych sieci sygnalizacyjnych, z których najbardziej uderzające wykazały dominującą aktywację szlaku sygnałowego między czynnikiem jądrowym .B (NF-.B) i interleukiną-6 u pacjentów z niską ekspresją miR-26 (Figura 2B ). Aby sprawdzić, które geny zostały powiązane z tym szlakiem sygnałowym, zmierzyliśmy poziom docelowego genu NF-.B, IL6, przez qRT-PCR, ponieważ był on również związany z rakiem wątrobowokomórkowym i różnicami w poziomach ekspresji miR-26 między płciami. . Większość pacjentów z rakiem wątrobowokomórkowym, u których wystąpiła obniżona ekspresja miR-26, miała równoczesne zwiększenie ekspresji interleukiny-6 (Figura 4 w Dodatku Dodatkowym). Biorąc pod uwagę te ustalenia, doszliśmy do wniosku, że guzy o niskiej ekspresji miR-26 mają odmienny profil genetyczny.
Walidacja z niezależnymi kohortami
Figura 3. Figura 3. Związek pomiędzy ekspresją miR-26a w nowotworach i całkowitym przeżyciem w dwóch próbach interferonu Alfa. Panele A i B pokazują związek między ekspresją miR-26a a całkowitym przeżyciem u pacjentów z rakiem wątrobowokomórkowym z dwóch grup kontrolnych (kohorta 2 w panelu A i kohorcie 3 w panelu B)
[podobne: cena morfologii, perforatio tecta, omułek nowozelandzki ]

Powiązane tematy z artykułem: cena morfologii omułek nowozelandzki perforatio tecta